Lo que hace es que al ejecutar la aplicación que nos ralentiza el sistema desactiva primero automáticamente el Aero, al desactivar el Aero nuestra aplicación va mas suelta y una vez que cerremos la aplicación vuelve a activarse Aero automáticamente.
Para ello vamos al ejecutable(.exe) o al acceso directo de la aplicación que nos ralentiza el sistema, damos al botón derecho del ratón sobre ese icono y elegimos propiedades, en la ventana que nos sale vamos a la pestaña "Compatibilidad" y en la sección de configuración marcamos "Deshabilitar la composición de escritorio" y aceptamos.
Ahora cada vez que ejecutemos dicha aplicación nos desactiva el Aero y al cerrarla vuelve a activarlo.